Im Qualitätsmanagement ist Honebein durchgängig seit 1997 gemäß der DIN EN ISO 9001 zertifiziert und im stetigen Verbesserungsprozess.
Honebein verfügt weiterhin über die Schweißzertifikate DIN EN ISO 3834-3 (schweißtechnische Qualitätsanforderung) und DIN EN 15085 CL3 (Schweißen von Schienenfahrzeugen und -fahrzeugteilen).